Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
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