Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BRCA1P38398 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
BRCA1P38398 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms