Protein–RNA interactions for Protein: P29400

COL4A5, Collagen alpha-5(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,685 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A5P29400 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A5P29400 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A5P29400 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms