Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC9P31274 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms