Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLDN3O15551 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN3O15551 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.8 ms