Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms