Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC140Q96MF4 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms