Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms