Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SCN1BQ07699 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN1BQ07699 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms