Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN4AP35499 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN4AP35499 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms