Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD9P28356 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms