Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG1P18858 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG1P18858 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIG1P18858 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIG1P18858 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG1P18858 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG1P18858 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG1P18858 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms