Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms