Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms