Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CHD3Q12873 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
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