Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms