Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CTCFP49711 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CTCFP49711 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CTCFP49711 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CTCFP49711 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CTCFP49711 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CTCFP49711 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms