Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL3A1P02461 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL3A1P02461 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms