Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHA1Q9Y5I3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHA1Q9Y5I3 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms