Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms