Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC39Q9UFE4 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms