Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC87Q9NVE4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms