Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UPF3AQ9H1J1 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms