Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.83
TRIM4Q9C037 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM4Q9C037 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms