Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms