Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms