Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 STRN-201ENST00000263918 8168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.094e-9■■■■■ 33.2
U2AF1Q01081 STRN-203ENST00000495595 1026 ntTSL 1 (best)6.7□□□□□ -1.344e-9■■■■■ 33.2
U2AF1Q01081 PHIP-202ENST00000479165 5694 ntTSL 1 (best)1.75□□□□□ -2.131e-7■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.127e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.077e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 TAF15-213ENST00000605197 760 ntTSL 217.66■□□□□ 0.427e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 SUZ12-202ENST00000494429 1895 nt17.49■□□□□ 0.397e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 RBM8A-208ENST00000634130 565 ntTSL 214.69□□□□□ -0.067e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 RBM8A-205ENST00000632040 495 ntTSL 213.83□□□□□ -0.27e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 AC011476.3-201ENST00000593060 786 ntTSL 5 BASIC11□□□□□ -0.657e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 RBM8A-207ENST00000633781 440 ntTSL 28.39□□□□□ -1.077e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 AC011476.3-202ENST00000586845 553 ntTSL 3 BASIC8.12□□□□□ -1.117e-9■■■■■ 33.1
U2AF1Q01081 CCNL1-206ENST00000464679 534 ntTSL 35.06□□□□□ -1.69e-31■■■■■ 32.9
U2AF1Q01081 CCNL1-224ENST00000483789 667 ntTSL 24.05□□□□□ -1.769e-31■■■■■ 32.9
U2AF1Q01081 CCNL1-214ENST00000471247 3671 ntTSL 1 (best)3.22□□□□□ -1.899e-31■■■■■ 32.9
U2AF1Q01081 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.557e-13■■■■■ 32.8
U2AF1Q01081 CHTOP-206ENST00000495554 2553 ntTSL 219.17■□□□□ 0.667e-13■■■■■ 32.8
U2AF1Q01081 AC138393.1-202ENST00000618315 487 ntTSL 1 (best)19.63■□□□□ 0.734e-9■■■■■ 32.8
U2AF1Q01081 AC138393.1-201ENST00000622033 624 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.214e-9■■■■■ 32.8
U2AF1Q01081 AC138393.1-203ENST00000327086 343 ntBASIC3.67□□□□□ -1.824e-9■■■■■ 32.8
U2AF1Q01081 MRE11-210ENST00000541157 594 ntTSL 413.27□□□□□ -0.292e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-208ENST00000538923 558 ntTSL 511.84□□□□□ -0.512e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-201ENST00000323929 6897 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.65□□□□□ -0.862e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-204ENST00000407439 2684 ntTSL 2 BASIC8.35□□□□□ -1.072e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-203ENST00000393241 2604 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.67□□□□□ -1.182e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-209ENST00000540013 1212 ntTSL 1 (best) BASIC7.36□□□□□ -1.232e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-207ENST00000536754 572 ntTSL 46.91□□□□□ -1.32e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 MRE11-202ENST00000323977 2588 ntTSL 1 (best) BASIC5.38□□□□□ -1.552e-8■■■■■ 32.6
U2AF1Q01081 PRRC2C-212ENST00000498596 1066 ntTSL 38.55□□□□□ -1.041e-9■■■■■ 32.5
U2AF1Q01081 PRRC2C-211ENST00000495585 5566 ntTSL 1 (best)6.54□□□□□ -1.361e-9■■■■■ 32.5
U2AF1Q01081 WDR43-204ENST00000440983 541 ntTSL 45.22□□□□□ -1.571e-9■■■■■ 32.5
U2AF1Q01081 WDR43-201ENST00000296126 787 ntTSL 55.22□□□□□ -1.571e-9■■■■■ 32.5
U2AF1Q01081 MARCH6-208ENST00000510792 1963 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.324e-30■■■■■ 32.4
U2AF1Q01081 MARCH6-213ENST00000514961 703 ntTSL 58.4□□□□□ -1.064e-30■■■■■ 32.4
U2AF1Q01081 G6PC-202ENST00000585489 1097 ntTSL 5 BASIC14.4□□□□□ -0.15e-8■■■■■ 32.3
U2AF1Q01081 G6PC-204ENST00000592383 987 ntTSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.445e-8■■■■■ 32.3
U2AF1Q01081 NEAT1-202ENST00000501122 22743 ntBASIC5.37□□□□□ -1.551e-30■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.574e-7■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 NFKBIZ-202ENST00000326172 3923 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.364e-7■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 NFKBIZ-207ENST00000483180 2006 ntTSL 511.86□□□□□ -0.514e-7■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 NFKBIZ-206ENST00000477601 548 ntTSL 39.38□□□□□ -0.914e-7■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 NFKBIZ-210ENST00000495089 877 ntTSL 27.7□□□□□ -1.184e-7■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 NFKBIZ-203ENST00000394054 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.324e-7■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.732e-16■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.692e-16■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 SUCO-201ENST00000263688 5556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.52e-16■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 SUCO-202ENST00000367723 5916 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.372e-16■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 SUCO-209ENST00000610051 2925 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.352e-16■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 SUCO-205ENST00000608566 756 ntTSL 29.97□□□□□ -0.812e-16■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 WSB1-202ENST00000348811 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.228e-10■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 WSB1-201ENST00000262394 5139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.38e-10■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 WSB1-204ENST00000467843 4187 ntTSL 1 (best)11.43□□□□□ -0.588e-10■■■■■ 32.2
U2AF1Q01081 FLJ46284-201ENST00000504861 3421 ntTSL 2 BASIC5.83□□□□□ -1.481e-6■■■■■ 32.1
U2AF1Q01081 HSP90AA1-203ENST00000553585 581 ntTSL 37.77□□□□□ -1.171e-323■■■■■ 32.1
U2AF1Q01081 HSP90AA1-205ENST00000555662 429 ntTSL 26.82□□□□□ -1.321e-323■■■■■ 32.1
U2AF1Q01081 TNPO1-213ENST00000523768 2632 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.076e-9■■■■■ 32
U2AF1Q01081 TNPO1-201ENST00000337273 11183 ntTSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.826e-9■■■■■ 32
U2AF1Q01081 TNPO1-204ENST00000506351 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.56□□□□□ -0.886e-9■■■■■ 32
U2AF1Q01081 TNPO1-214ENST00000605210 752 ntTSL 25.84□□□□□ -1.476e-9■■■■■ 32
U2AF1Q01081 TMPO-209ENST00000549938 696 ntTSL 428.26■■■□□ 2.111e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.021e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.791e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-205ENST00000546828 564 ntTSL 524.23■■□□□ 1.471e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.253e-6■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.253e-6■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 NXF1-214ENST00000533048 922 ntTSL 519.68■□□□□ 0.744e-16■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.671e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.551e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-212ENST00000556029 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.11e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 NXF1-215ENST00000533440 579 ntTSL 210.38□□□□□ -0.754e-16■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-213ENST00000556678 713 ntTSL 57.36□□□□□ -1.231e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-206ENST00000547214 721 ntTSL 25.5□□□□□ -1.531e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 TMPO-211ENST00000552831 743 ntTSL 23.89□□□□□ -1.791e-8■■■■■ 31.9
U2AF1Q01081 PRRC1-206ENST00000513427 837 ntTSL 215.07■□□□□ 01e-6■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 PRRC1-202ENST00000442138 5504 ntTSL 1 (best) BASIC8.37□□□□□ -1.071e-6■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 PRRC1-204ENST00000512635 2726 ntTSL 1 (best) BASIC8.04□□□□□ -1.121e-6■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 PRRC1-201ENST00000296666 4699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.22□□□□□ -1.251e-6■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-205ENST00000577922 996 ntTSL 527.16■■□□□ 1.945e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC19.43■□□□□ 0.75e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-207ENST00000578400 575 ntTSL 518.46■□□□□ 0.555e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-227ENST00000583894 712 ntTSL 213.34□□□□□ -0.275e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-230ENST00000584549 807 ntTSL 28.86□□□□□ -0.995e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-204ENST00000577787 838 ntTSL 28.86□□□□□ -0.995e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-221ENST00000582326 585 ntTSL 25.23□□□□□ -1.575e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-222ENST00000583201 556 ntTSL 24.3□□□□□ -1.725e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 DDX5-217ENST00000581551 573 ntTSL 23.98□□□□□ -1.775e-20■■■■■ 31.8
U2AF1Q01081 ATG16L1-207ENST00000417017 684 ntTSL 521.92■■□□□ 1.15e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-208ENST00000419681 644 ntTSL 521.67■■□□□ 1.065e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-210ENST00000444735 691 ntTSL 521.25■□□□□ 0.995e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-201ENST00000347464 2915 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.235e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-202ENST00000373525 2767 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.025e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-203ENST00000392017 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.055e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-205ENST00000392020 3213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.245e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-215ENST00000479942 3559 ntTSL 1 (best)13.54□□□□□ -0.245e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-206ENST00000392021 3301 ntTSL 1 (best)12.84□□□□□ -0.355e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-204ENST00000392018 3313 ntTSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.425e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-214ENST00000474148 4208 ntTSL 211.97□□□□□ -0.495e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ATG16L1-218ENST00000498620 740 ntTSL 510.54□□□□□ -0.725e-10■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.376e-8■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.316e-8■■■■■ 31.7
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 32.2 ms