Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC34.1■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.05
COL5A3P25940 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC34.01■■■■□ 3.04
COL5A3P25940 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
COL5A3P25940 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL5A3P25940 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL5A3P25940 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC33.82■■■■□ 3
COL5A3P25940 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
COL5A3P25940 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3
COL5A3P25940 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
COL5A3P25940 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
COL5A3P25940 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL5A3P25940 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL5A3P25940 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL5A3P25940 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
COL5A3P25940 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC33.76■■■■□ 3
COL5A3P25940 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC33.76■■■■□ 3
COL5A3P25940 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL5A3P25940 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms