Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP3Q9Y3E7 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.6 ms