Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
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