Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN9AQ15858 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
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