Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms