Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRERF1Q96PN7 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRERF1Q96PN7 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRERF1Q96PN7 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRERF1Q96PN7 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRERF1Q96PN7 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRERF1Q96PN7 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRERF1Q96PN7 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms