Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIG3P49916 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
LIG3P49916 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIG3P49916 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG3P49916 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG3P49916 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms