Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms