Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP4O75161 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms