Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms