Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms