Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
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