Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SMARCB1Q12824 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SMARCB1Q12824 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms