Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRCA1P38398 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms