Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCA1P28370 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms