Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A1P12109 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms