Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5X1

SNX9, Sorting nexin-9, humanhuman

Predictions only

Length 595 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX9Q9Y5X1 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SNX9Q9Y5X1 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SNX9Q9Y5X1 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms