Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms