Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP88Q99567 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms