Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC140Q96MF4 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms