Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.1 ms