Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
PRPF39Q86UA1 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms