Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.26■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC31.26■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
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